Concilier la conservation et les pratiques agricoles

Milieux humides et hydriques en contexte agricole

Certaines pratiques agricoles, comme les cultures fourragères et le pâturage, sont considérées comme susceptibles d’être compatibles avec la conservation des milieux humides et hydriques. Ces pratiques peuvent même contribuer à l’atteinte de certains objectifs de conservation de la biodiversité. 

Or, en 2013, une analyse de la situation des milieux humides au Québec rapportait que les activités agricoles étaient la principale source de perturbation de ces milieux entre 1990 et 2011 (Pellerin et Poulin, 2013). De leur côté, les milieux hydriques font aussi face à des menaces auxquelles contribuent certaines pratiques agricoles, notamment en matière de naturalité des rives et de qualité de l’eau (Québec. MELCCFP, 2025).

En contexte agricole, les dégradations des milieux humides ou hydriques peuvent résulter d’activités réalisées:

• directement dans les milieux humides et hydriques (p. ex. en rive, en zone inondable);

• à l’extérieur des milieux humides et hydriques tout en générant des impacts sur ces derniers (p. ex. sur la biodiversité, la qualité de l’eau ou l’hydrologie). 

Quel rôle pour les outils municipaux d’aménagement du territoire? 

Les activités agricoles en milieux humides et hydriques et à proximité font l’objet d’un encadrement par le gouvernement du Québec à travers plusieurs règlements, principalement:

• Le Règlement sur l’encadrement d’activités en fonction de leur impact sur l’environnement (REAFIE): ce règlement détaille les activités à  nécessitant une autorisation ministérielle (à risque modéré), admissibles à une déclaration de conformité (à risque faible) et exemptées d’une autorisation (à risque négligeable) et il énonce les conditions applicables. Parmi les activités exemptées sous conditions, on retrouve notamment la culture de végétaux non aquatiques et de champignons et l’épandage de matières fertilisantes ainsi que le déboisement relatif à la remise en culture.  

• Le Règlement sur les activités dans des milieux humides, hydriques et sensibles (RAMHHS): il comprend des normes applicables en tout temps aux activités réalisées en milieux humides et hydriques, ainsi que des normes générales et spécifiques pour les activités admissibles à une déclaration de conformité et exemptées. Des normes s’appliquent notamment au compostage et à la culture de végétaux non aquatiques et de champignons dans le littoral et la rive. 

• Le Règlement sur les exploitations agricoles (REA): avec pour objectif de protéger l’eau (de surface et souterraine) et le sol de la pollution causée par les activités agricoles, en particulier le phosphore, il encadre les élevages d’animaux et les installations associées, le stockage et l’épandage des déjections et autres matières fertilisantes et les parcelles de sols utilisées pour la culture. Plusieurs interdictions et limites s’appliquent à ces éléments en milieux humides et hydriques. 

• Le Règlement sur le prélèvement des eaux et leur protection: ce règlement prévoit des normes pour les prélèvements d’eau à des fins de transformation alimentaire, les installations associées et certaines activités pouvant affecter la qualité de l’eau. 

Cependant, les MRC et les municipalités ont aussi un rôle à jouer pour planifier et encadrer l’agriculture de manière à favoriser l’utilisation durable des milieux humides et hydriques situés en contexte agricole. 

L’orientation gouvernementale en aménagement du territoire (OGAT) #3 intitulée «Planifier l’aménagement et le développement du territoire agricole de manière à assurer sa protection, la mise en valeur de son plein potentiel et à créer un cadre propice à la pratique des activités agricoles» exige des MRC qu’elles concilient, à travers leur schéma d’aménagement et de développement (SAD) révisé, les objectifs de protection des milieux naturels et de mise en valeur du territoire à des fins agricoles en zone agricole (Québec. MAMH, 2024). Pour y arriver, elles peuvent notamment déterminer, à leur document complémentaire, des activités possibles dans certains milieux humides ou hydriques visés pour la conservation, comme le pâturage.    

Enfin, il est à noter que la Loi sur les compétences municipales autorise les MRC et les municipalités locales à accorder une aide financière en matière d’agriculture « dans le but d’atténuer les conséquences économiques [...]  des mesures visant la restauration ou le maintien, à l’état naturel, de milieux humides et hydriques » (Québec, 2025). 

Cinq études de cas pour s’inspirer

De plus en plus de projets naissent de la collaboration entre le monde agricole, les organismes de conservation et les collectivités pour trouver des voies de passages vers la conservation des milieux humides et hydriques par leur utilisation durable, en contexte agricole. Voici cinq initiatives prometteuses d’ici et d’ailleurs. 

Milieux humides et pâturage: une conciliation gagnante au service de l’agriculture et de la conservation

La réserve naturelle du Marais-Trépanier: l’introduction du pâturage pour valoriser une terre agricole marginale

Restauration de milieux humides sur une terre agricole marginale, permettant de concilier conservation et pâturage. Source: Canards Illimités Canada.

Située en bordure de la rivière des Outaouais dans le secteur Masson-Angers à Gatineau, la réserve naturelle du Marais-Trépanier est un exemple d’innovation combinant les vocations agricole et de conservation.

Jusqu'en 1997, l'avenir de cette terre agricole était incertain: située dans un contexte territorial marqué par les inondations, elle faisait face à des enjeux de drainage, mais aussi de surconsommation des prairies fourragères par la bernache du Canada lors de sa migration. Cette année-là, le propriétaire a décidé de confier la conservation du terrain à Canards Illimités Canada (CIC) qui en a acquis la propriété. Dans les années suivantes, CIC s'est attelé à transformer une partie du terrain en y créant 50 hectares de marais (permanents et temporaires), tout en conservant 100 hectares destinés à du pâturage.

CIC loue cette partie du territoire à un prix compétitif à des agriculteurs locaux qui ont ainsi accès à des pâturages de bonne qualité. Par ailleurs, la paissance du bétail permet de maintenir une prairie basse qui sera à son tour utilisée par la bernache du Canada lors de sa migration. Ce système de rotation permet de maximiser le potentiel agricole du terrain, tout en s'inscrivant dans des objectifs de conservation. D'ailleurs, le lieu a obtenu le statut de réserve naturelle en 2002, ce qui en a fait l'une des premières au Québec sur des terres privées.

Le Marais Vernier (France): berceau du pâturage extensif en milieu humide

Vue sur la Grand'Mare, un des secteurs emblématiques du Marais Vernier. Source: Parc naturel régional des Boucles de la Seine normande.

Le Marais Vernier est un vaste milieu humide de 4 500 hectares, situé sur le fond d'un ancien méandre de la Seine, juste avant de rejoindre l'estuaire. Il s'étend sur le territoire de plusieurs collectivités, dont celle de Marais-Vernier. 

Le Marais Vernier est remarquable à plusieurs égards, ce qui lui a valu d'être désigné par la Convention internationale de Ramsar sur les milieux humides en 2014, ou encore, d'obtenir le label européen Natura 2000. Il inclut à la fois la plus grande tourbière française en termes de superficie, se situe dans un important couloir pour les oiseaux migrateurs et accueille une biodiversité particulièrement riche. De ces 4 500 hectares, 20% sont protégés par différents statuts légaux nationaux et locaux (espace naturel sensible, réserve naturelle, etc) tandis que le reste est utilisé à des fins agricoles et, dans une moindre mesure, à des fins d'habitation.

En effet, le site se démarque aussi comme étant le berceau du pâturage extensif en milieu humide. Celui-ci a été mis au point vers la fin des années 1970, en ayant recours à des espèces adaptées au sol tourbeux et humide, comme les vaches écossaises (Highland cattle) et les chevaux de Camargue. Cette pratique a ensuite fait école dans de nombreux milieux humides français, puis à l'international.

Comme dans le cas du Marais Trépanier, il s'agit d'une solution gagnant-gagnant: la gestion de ces milieux par le pâturage a l'avantage de maintenir des espaces ouverts avec une mosaïque d’habitats favorables à une biodiversité importante et typique des milieux humides. Sans cette activité de pâturage, ce paysage typique de la région serait sujet à une arbustification et se refermerait. Du côté des agriculteurs, cette conciliation d'usages leur permet d'avoir accès à des terres de qualité pour faire paître leur bétail. 

Restaurer des milieux humides sur des terres agricoles pour améliorer la capacité de rétention des bassins versants: le cas de l'Alberta

Restauration d'un milieu humide sur la terre agricole de la famille Feldberg, en Alberta. Les travaux ont été réalisés par Canards Illimités Canada dans le cadre d'un programme provincial. Source: Canards Illimités Canada.

Amélioration des bassins versants: le cas de la politique albertaine

En 2013, le sud de l'Alberta et la ville de Calgary ont été sévèrement inondés. Cette inondation, qui a d'ailleurs été l'une des plus coûteuses pour la province, s'ajoutait à d'autres ayant déjà eu lieu dans la région. En réponse, l’Alberta a adopté une nouvelle politique sur les milieux humides en 2013. En plus d'encourager des solutions techniques (digues et autres infrastructures dites « grises»), cette politique inclut un programme de résilience et de restauration des bassins versants (Watershed Resiliency and Restoration Program), pour faire face aux risques d'inondations et de sécheresse à long terme. 

Ce programme, qui a été prolongé et bonifié à plusieurs reprises, propose des subventions pour des projets de restauration de milieux humides sur des propriétés privées, y compris agricoles. Grâce à ce mécanisme, les propriétaires fonciers peuvent être rémunérés pour les services écosystémiques rendus par les milieux humides restaurés sur leurs propriétés. Les sommes proviennent du fonds qui recueille les compensations obligatoires lorsque des milieux humides de la province sont drainés ou remblayés.

Canards Illimités Canada: lien entre la politique provinciale et le monde agricole

Canards Illimités Canada joue un rôle important pour faire le lien entre des propriétaires fonciers et ce mécanisme provincial. Par exemple, c'est l'organisme qui a approché en 2019 la famille Feldberg, après avoir repéré, grâce à des images satellites, un milieu humide partiellement drainé depuis des années sur leur exploitation agricole. 

Dans de tels cas, CIC élabore un plan de restauration, que les propriétaires sont libres d'accepter ou non. Si la réponse est oui, une entente de 10 ans est alors signée: CIC s'occupe des coûts et de la restauration et bénéficie d'un accès à la zone pendant 10 ans. De leur côté, les propriétaires conservent la propriété du milieu ainsi que sa gestion. Leur unique restriction est qu'ils ne doivent pas défaire les ouvrages mis en place. Du point de vue financier, CIC paye au propriétaire la valeur marchande de l'entièreté de la zone restaurée. La moitié de cette somme est payée en avance, et le reste se fait en 10 versements sur 10 ans. 

L'exploitation Feldberg: un exemple gagnant-gagnant 

Pour la famille Feldberg, cette solution a été avantageuse. CIC a mis en place un enrochement afin de limiter le drainage du milieu humide, et lui redonner son niveau initial. Ce système ne change pas la façon dont elle utilise ces terres pour le pâturage des bêtes. Au contraire, cela fournit même un avantage très apprécié: mieux contrôler le débit et limiter les inondations saisonnières causées par le ruisseau à proximité. 

Changements de pratiques agricoles pour une utilisation durable insulaire: le cas de l'Île de Raymond (France)

L'île de Raymond se caractérise par une double vocation de conservation et d'agriculture, notamment grâce à un retour du pâturage extensif. Source: Communauté de communes Convergence-Garonne.

Accueillant diverses pratiques agricoles depuis le 19e siècle, l'île a été transformée en monoculture de maïs, jusqu'à sa mise en vente en 2009. Cette année-là, la communauté de communes locales (l'équivalent d'une MRC) s'est portée acquéreuse, y voyant un fort potentiel écologique. Elle est, depuis, la gestionnaire du site.

Le plan de gestion de la communauté de communes, élaboré et finalisé en 2012, était structuré autour de deux objectifs: préserver les milieux naturels et les espèces, et valoriser le site auprès du public. L'agriculture continuait d'y occuper une place centrale, respectant la vocation agricole de l'île, comme il avait été entendu avec la Société d’aménagement foncier et d’établissement rural local (Safer) lors de la vente du terrain [les Safer sont des organismes sans but lucratif sous tutelle du ministère de l’Agriculture et des Finances, mis en place depuis les années 1960]. 

La communauté de commune a mis sur pied un projet de restauration écologique qui intègre une relance du pâturage extensif, ainsi que de l'agriculture biologique dès 2010. De plus, afin de valoriser le site, un accueil raisonné du public a été permis et facilité par l'ajout de belvédères et l'instauration d'un sentier pédagogique.

L'ensemble du projet a été construit de manière participative et de façon à garantir une concertation élargie. La population riveraine a été intégrée grâce à l'élection de personnes représentantes qui se sont jointes aux partenaires locaux, territoriaux et institutionnels.

Les résultats en termes de biodiversité sont considérés comme spectaculaires et un exemple concret de reconquête écologique, de gestion partagée et de valorisation durable d’un espace naturel sensible. Le site est notamment reconnu avec la désignation européenne Natura 2000.

Les paysages de l'île accueillent aujourd'hui une biodiversité plus riche, renouant avec ce qui était présent avant la monoculture. Certaines zones sont en libre évolution, avec une nature qui revient d'elle-même. D'autres ont été davantage travaillées, notamment les 30 hectares de prairies semés à l’automne 2010 pour permettre à une éleveuse de moutons de s'installer. Un arboretum a également été planté.

Délinéariser les cours d'eau: une autre façon d'adapter les pratiques agricoles pour répondre aux défis d'aujourd'hui

Redonner à un cours d'eau agricole ses méandres et son espace de liberté fait partie des projets de recherche actuellement menés et peut s'inscrire dans une approche d'utilisation durable des milieux humides et hydriques. Source: Alain Roberge, La Presse. 

Pour répondre aux différentes crises actuelles, de plus en plus de projets naissent de la collaboration entre le monde agricole, les organismes de conservation et les collectivités pour diminuer les pressions que certaines pratiques agricoles exercent sur les milieux humides et hydriques.

Par exemple, plusieurs projets de délinéarisation des cours d'eau agricole ont vu le jour, que ce soit sur le terrain de la Ferme-école Lapokita de l'Institut de technologie agroalimentaire du Québec (ITAQ) à La Pocatière ou sur celui de la ferme Parentall à Saint-Robert en Montérégie (projet Un méandre à la fois).

Les bénéfices recherchés, et parfois déjà visibles, sont autant écologiques (biodiversité améliorée, connectivité des habitats aquatiques renforcée, meilleure qualité de l'eau) qu'économiques. L'entretien des cours d'eau, nécessaire pour faire face à leur sédimentation et à l'érosion de leurs berges, représente un coût pour la collectivité. Favoriser le retour des méandres naturels permet de laisser la nature faire ce travail elle-même. 

Dans le cas de la ferme Parentall, sur laquelle a lieu le projet pilote Un méandre à la fois, une compensation financière est versée aux propriétaires afin de les compenser pour les pertes de superficie cultivable (environ un hectare dans ce cas-ci).

Références

Générales

PELLERIN, Stéphanie, et Monique Poulin (2013). Analyse de la situation des milieux humides au Québec et recommandations à des fins de conservation et de gestion durable, Ministère du Développement durable, de l’Environnement, de la Faune et des Parcs [MDDEFP]. [PDF] 104 p.

QUÉBEC (2025). Loi sur les compétences municipales, chapitre C-47.1, à jour au 1er septembre 2025, Québec, Éditeur officiel du Québec. 

QUÉBEC. MAMH [MINISTÈRE DES AFFAIRES MUNICIPALES ET DE L’HABITATION] (2024). Orientations gouvernementales en aménagement du territoire, Gouvernement du Québec [PDF]. 151 p. 

QUÉBEC. MELCCFP [MINISTÈRE DE L’ENVIRONNEMENT, DE LA LUTTE CONTRE LES CHANGEMENTS CLIMATIQUES, DE LA FAUNE ET DES PARCS] (2025). Rapport sur l’état des ressources en eau et des écosystèmes aquatiques du Québec 2025, Ministère de l’Environnement, de la Lutte contre les Changements Climatiques, de la Faune et des Parcs. [PDF] 480p.

Règlements mentionnés

QUÉBEC (2025). Règlement sur l’encadrement d’activités en fonction de leur impact sur l’environnement, chapitre Q-2, r. 17.1, à jour au 5 juin 2025, Québec, Éditeur officiel du Québec.  

QUÉBEC (2025). Règlement sur les activités dans des milieux humides, hydriques et sensibles, chapitre Q-2, r. 0.1, à jour au 5 juin 2025, Québec, Éditeur officiel du Québec.  

QUÉBEC (2025). Règlement sur les exploitations agricoles, chapitre chapitre Q-2, r. 26, à jour au 1er septembre 2025, Québec, Éditeur officiel du Québec. 

QUÉBEC (2025). Règlement sur le prélèvement des eaux et leur protection, chapitre Q-2, r. 35.2, à jour au 1er septembre 2025, Québec, Éditeur officiel du Québec. 

À propos de la réserve naturelle du Marais-Trépanier

CANARDS ILLIMITÉS CANADA [CIC] (2024, 5 avril). «Cap sur la réserve naturelle du Marais-Trépanier». https://www.canards.ca/recits/milieux-humides/canards-illimites-canada-agriculture-conservation-nature/ (consultée le 22 juillet 2025)

DAIGLE Guillaume (2015, 17 novembre). «Les milieux humides pour notre avenir». Canards Illimités Canada [CIC].https://www.cobali.org/wp-content/uploads/2016/11/PPT-Forum-MH-CIC-partie-1.pdf 

DAIGLE Guillaume (2013, 24 octobre). «Conservation volontaire des milieux humides: l'expérience de Canards Illimités au Québec» [présentation Powerpoint]. Canards Illimités Canada [CIC]. https://robvq.qc.ca/wp-content/uploads/2021/10/guillaume_daigle.pdf 

MICHAUD André (2013, 28 mai). «L’histoire à succès en milieu agricole de la Réserve naturelle du Marais Trépanier» [présentation Powerpoint]. Canards Illimités Canada. https://robvq.qc.ca/wp-content/uploads/2021/11/andre_michaud.pdf 

À propos du Marais Vernier

AGENCE DE L'EAU SEINE NORMANDIE (2024, 9 février). Le Marais Vernier - Extrait du film «La Seine, un nouveau regard» [YouTube]. https://www.youtube.com/watch?v=ezpSVCSAKRc  [consulté le 24 novembre 2024]

CENTRE DE RESSOURCES DES MILIEUX HUMIDES (2023). «Marais Vernier et vallée de la Risle maritime». République française,  zones-humides.org. https://www.zones-humides.org/s-informer/association-ramsar-france/les-sites-ramsar-francais/marais-vernier-et-vallee-de-la-risle-maritime [consulté le 24 novembre 2024]

PARC NATUREL RÉGIONAL DES BOUCLES DE LA SEINE NORMANDE (s.d). Réserve Naturelle Nationale du Marais Vernier. https://www.pnr-seine-normande.com/decouvrir/les-espaces-preserves/la-reserve-naturelle-du-marais-vernier/  [consulté le 24 novembre 2024]

RAMSAR (2015). Fiche descriptive Ramsar: Marais Vernier et Vallée de la Risle maritime [PDF], 29 p.

TOURISME PONT-AUDEMER VAL DE RISLE (s.d). Le Marais Vernier et la Risle Maritime labellisés RAMSAR. https://www.tourisme-pontaudemer-rislenormande.com/decouvrir/le-marais-vernier-et-la-risle-maritime-labellises-ramsar/ [consulté le 24 novembre 2024]

À propos du cas de l’Alberta

CANARDS ILLIMITÉS CANADA (2021). Wetland restoration and Alberta Wetland Policy benefit a farm family. https://www.ducks.ca/stories/landowners/alberta-wetland-restoration/ [consulté le 24 novembre 2024]

INSTITUT CLIMATIQUE DU CANADA (2021). Les terres humides comme infrastructures [PDF], 18 p.

ALBERTA, GOUVERNEMENT (2018). Watershed Resiliency and Restoration Program (WRRP):Improving Alberta’s natural watershed resiliency to flood and drought [PDF], 4 p.

À propos de l’Île de Raymond

CONVERGENCE GARONNE, COMMUNAUTÉ DE COMMUNE (s.d). Espace naturel sensible de l’Île de Raymond. https://www.convergence-garonne.fr/les-services/environnement/espaces-naturels-sensibles/ile-de-raymond/ [consulté le 24 novembre 2024]

CORCKET Emmanuel, BENOT Marie-Lise, BISCHOFF Armin, PONCIN Ghislain et HENRIOT Lucie (2015). «Restauration écologique d’une ancienne maïsiculture en zone alluviale: l’île de Raymond en bord de Garonne», Penn ar Bed, vol n°220.

PINARD DE PUYJOULON Nathalie (2025, 21 avril). «EN IMAGES. Il photographie le retour de la nature sur une ancienne terre céréalière, rendu possible par dix années de réensauvagement». France Info, Nouvelle Aquitaine. https://france3-regions.franceinfo.fr/nouvelle-aquitaine/gironde/en-images-il-photographie-le-retour-de-la-nature-sur-une-ancienne-terre-cerealiere-rendu-possible-par-dix-annees-de-reensauvagement-3136687.html [consulté le 24 novembre 2024]

À propos de la délinéarisation de cours d'eau

CAMERON, Daphné et Alain ROBERGE (2025, 30 juin). «Des rivières qui retrouvent leur liberté « un méandre à la fois »». La Presse. https://www.lapresse.ca/actualites/environnement/2025-06-30/planete-bleue-idees-vertes/des-rivieres-qui-retrouvent-leur-liberte-un-meandre-a-la-fois.php [consulté le 8 décembre 2025]

DUVAL, Véronique (2025, 29 juillet). «Un projet prometteur de renaturalisation d’un ruisseau agricole à La Pocatière». Radio-Canada. https://ici.radio-canada.ca/nouvelle/2182412/erosion-berges-agriculture-durable-ecosysteme [consulté le 8 décembre 2025]

MARCHAND Jean-Philippe (2025). «Un méandre à la fois : Restaurer un espace de liberté de cours d’eau en milieu agricole» [présentation Powerpoint] https://robvq.qc.ca/wp-content/uploads/2025/05/JPMarchand_UPA_Projet_Meandre.pdf [consulté le 8 décembre 2025]